Ikatan Senat Mahasiswa Farmasi Seluruh Indonesia (ISMAFARSI) merupakan kelanjutan dari organisasi Mahasiswa Farmasi Seluruh Indonesia (MAFARSI) yang didirikan pada tangal 22 Desember 1955, di Kaliurang – Yogyakarta. Kelahiran dari organisasi ini dilandasi oleh kesadaran bahwa mahasiswa farmasi Indonesia perlu menjalin komunikasi untuk memecahkan permasalahan yang ada.

Universitas Gajah Mada (UGM) dan Institut Teknologi Bandung (ITB), dua perguruan tinggi ini yang mempunyai jurusan farmasi pada saat itu, kebetulan mempunyai masalah yang sama. Farmasi UGM pada tahun 50-an merupakan bagian dari Fakultas Kedokteran, Kedokteran Gigi dan Farmasi ITB yang terbagi atas jurusan riset dan jurusan apoteker, merupakan bagian dari Fakultas Teknik. Pembagian yang berbeda itulah yang kemudian dianggap menimbulkan berbagai masalah. Mahasiswa farmasi UGM maupun ITB akhirnya sepakat untuk mendirikan MAFARSI yang saat itu merupakan suatu organisasi mahasiswa intra universitas profesional pertama dan satu-satunya yang ada di Indonesia. Terpilih sebagai ketua adalah Purnomo Singgih (UGM) dan Midian Sirait (ITB), sedangkan tokoh-tokoh mahasiswa lainnya yang ikut terlibat diantaranya adalah Marisi P,Sihombing, Sunarto Prawirosujanto, Djasman, Sulastomo, Sardjoko dan lain-lain.

MAFARSI merupakan organisasi independen. Aktivitasnya terutama menyangkut bidang kemahasiswaan dan kependidikan. Pada masa awal berdirinya kegiatan MAFARSI berkisar pada perjuangan untuk menyempurnakan kurikulum disamping kegiatan rutin kemahasiswaan seperti diskusi , symposium, pengadaan diktat, dan lain-lain. Tetapi pada tahap berikutnya, MAFARSI dipercaya terlibat dalam penyusunan UU. Pokok Kesehatan dan UU Pokok Farmasi.

Atas perjuangan MAFARSI, maka para pimpinan perguruan tinggi farmasi ITB dan UGM mengadakan pertemuan untuk mengambil langkah penyesuaian terhadap kurikulum masing-masing. Konsep Bachaloreat yang mendahulukan jenjang Apoteker, baru kemudian jenjang sarjana diubah menjadi sebaliknya. Sementara kedudukan mahasiswa di ikatan Apoteker Indonesia diperjelas dengan system perwakilan dari MAFARSI. Tahun 1970, MAFARSI kembali mengadakan kongres dan memilih Ilham Indradjaja sebagai Sekjen. Kemudian pada periode ini kenggotaan MAFARSI merupakan lembaga Kemahasiswaan di tiap Institut Farmasi, tidak lagi bersifat personal.

Pada tanggal 10 -19 Oktober di BukitTinggi tercatat peristiwa penting Organisasi MAFARSI dengan pergantian nama menjadi ISMAFARSI. Hal ini sebagai akibat kebijaksanaan pemerintah tentang penataan kembali kehidupan kampus, yaitu melalui Instruksi Dirjen Dikti Nomor : 002 / Int / Dj / 1978, SK Mendikbud Nomor : 0230 / J / 1979, dan peraturan pemerintah Nomor : 5 tahun 1980. Dalam kongres terakhir MAFARSI atau Munas I ISMAFARSI terpilih Tjeptjep Syaifulrahman sebagai Sekjen .Selanjutnya dalam Munas II terpilih Pandaan Suharno sebagai Sekjen yang karena tidak dapat aktif diganti oleh Muhammad Yamin hingga berlangsungnya Munas III terpilih Paul Tetoprastawa (UGM) sebagai Sekjen. Banyak perubahan – perubahan yang dilakukan pada MUNAS III ISMAFARSI tersebut, diantaranya adalah pembentukan koordinator wilayah yang dibagi menjadi empat Korwil.

Kemudian pada tahun 1990 di Jakarta terpilih Noverman (UNAND) sebagai Sekjen pada MUNAS IV. MUNAS V di Surabaya pada tahun 1992 memilih Hudi Kurniawan (UNAIR) sebagai Sekjen. Pada Munas VI yang diadakan di Padang terpilih ISMAEL (UNAND) sebagai Sekjen.

Pada tanggal 25 – 28 Mei 1998 Munas diselenggarakan di Ujung Pandang. Pada Munas VII ini R.Tatang Purnawan (Unair) terpilih sebagai Sekjen.Sejarah ISMAFARSI pun mencatat MUNAS Luar Biasa (MUNASLUB) I ISMAFARSI pada September 1998 di Yogyakarta dimana wakil Sekjen Ismiyati mengundurkan diri dan digantikan oleh Ahmad Subagiyo (UI).

Pada masa ini, Sidang Pleno Rakernas IV yang berlangsung di Yogyakarta pada bulan November 1998 merekomendasikan Dies Natalis ISMAFARSI untuk diadakan bersamaan pada setiap kegiatan PIMFI yang diawali pada PIMFI 1999 di Surabaya, serta pembentukan Koordinator wilayah untuk meningkatkan efisiensi kinerja organisasi dan mutu Sumber Daya Manusia ISMAFARSI di masa mendatang. Pada kegiatan pekan ilmiah mahasiswa farmasi 1999 di Surabaya, pada September 1999 diselenggarakan pula MUNASLUB II ISMAFARSI yang menetapkan dan mengesahkan Keanggotaan dari SMF Farmasi Univesitas Setia Budi Surakarta dan SMF Farmasi Universitas Ahmad Dahlan .

Selanjutnya pada Pekan Ilmiah Nasional (PIN) VII dan Musyawarah Nasional (Munas) VIII di UI, Depok tanggal 24 – 29 September 2000 terpilih sebagai sekjen ISMAFARSI adalah Rahmat Saleh (Universitas Pancasila).Pada PIN VIII dan MUNAS ISMAFARSI VIII ini menetapkan dan mengesahkan keanggotaan dari universitas Jenderal Ahmad Yani, Universitas Sanata Darma Yogyakarta, serta Universitas Prof. Hamka . Dan yang kembalinya UGM dalam ISMAFARSI setelah sekian waktu tidak dapat mengikuti kegiatan ISMAFARSI. Selanjutnya pada program kerja periode ini , antara lain: Rakernas V ISMAFARSI di UNAIR bulan Maret 2001, PIMFI ISMAFARSI di UGM bulan September 2001 dan PraMunas IX dan Temu Mahasiswa Farmasi di UNPAD pada Februari 2002. selanjutnya Munas IX tanggal 8 – 13 September 2002 di Universitas Andalas – Padang.

Munas IX di Padang memilih saudara Zainul Islam, dari ISTN sebagai Sekjen dan menyusun agenda kerja yaitu ; Rakernas di ISTN - Jakarta, PIMFI di UNAIR – Surabaya, Pramunas di UII – Jogjakarta, serta MUNAS X di UNHAS – Makasar.

Dalam sejarah ISMAFARSI tercatat beberapa kali diselenggarakan Munaslub. Munaslub I – September 2001 di Jogjakarta, dimana pertama kali konstitusi ISMAFARSI yang telah diamandemenkan dan dihasilkan pada saat PIN VII dan Munas VIII tidak dapat terselsaikan , sehingga ISMAFARSI periode 2000 – 2002 ini harus kembali pada konstitusi lama sebagai landasan hukumnya dan juga sebagai pedoman kerja periode ini. Hal ini secara terpaksa disepakati oleh seluruh peserta PIMFI saat itu. karena tidak mungkin organisasi berjalan tampa landasan hukum yang jelas dan benar. Pada akhirnya digunakan konstitusi periode 1998 – 2000 sebagai arah dan pedoman kerja ISMAFARSI dan Munaslub 1 ini juga menetapkan dan mengesahkan keanggotaan Sekolah Tinggi farmasi Bandung.

Sebagai perwujudan pengembangan jalinan kerjasama yang lebih luas, Ismafarsi-pun mulai menjalin hubungan kerjasama dengan Organisasi regional –Internasional. ISMAFARSI mulai menjalin hubungan kerjasama dengan Internasional Pharmaceutical Student Federation (IPSF).

Pada Munas X di Universitas Hasanudin Makasar terpilih saudara Mei Eko Hermanto sebagai Sekjen ISMAFARSI untuk periode 2004 -2006. Agenda 2 tahun kedepan juga dihasilkan pada Munas ini, Rakerns diadakan di Universitas Pakuan Bogor, Pimfi di Universitas Sanata Dharma Yogyakarta , Pramunas di Universitas Ahmad Yani Bandung, dan Munas ke XI di Universitas Muhammadiah Surakarta. Dalam kepenurusan Eko terdapat beberapa agenda yang besar salah satunya adanya aksi masa secara nasional menyangkut kebijakan pemerintah dalam hal pelantikan Ketua Badan POM, yang dinilai cacat hukum. Hasil dari aksi ini, Ismafarsi diundang oleh komisi II DPR untuk berdiskusi terkait masalah tersebut.

Pada Munas XI terpilih sebagai sekjend yaitu Yani Novi Rinjayaningsih. Pad periode ini ISMAFARSI kembali di angkat menjadi Full member dari Internasional Pharmaceutical Student Federation (IPSF), hal ini menjadi langkah awal bagi ISMAFARSI untuk kembali menunjukkan gaungnya di kancah Internasional. Pada 18 Juli 2008 kembali diadakan MUNAS ISMAFARSI XII dan berhasil memilih Joko Rinanto dari Universitas Muhammadiyah Prof. DR. HAMKA sebagai sekretasis jendral ISMAFARSI untuk periode 2008-2010. Pada periode ini ISMAFARSI dihadapkan kepada agenda pengesahan RPP Pekerjaan Kefarmasian yang belum juga disahkan. Dengan demikian mahasiswa farmasi dituntut untuk segera melaksanakan perannya sebagai social control dan bagian dari gerakan ekstra parlementer, mengingat sudah tiga tahun lebih Rancangan PP-PK ini terkatung-katung menanti dan tak kunjung didapat kepastian tentang penetapannya.